Ada dua faktor penyebab terjadinya keanekaragaman hayati, yaitu faktor keturunan atau faktor genetik, dan faktor lingkungan.
Keanekaragaman hayati sanggup dibagi menjadi tiga tingkat, yaitu keanekaragaman gen, keanekaragaman spesies, dan keanekaragaman ekosistem.
1. Keanekaragaman Gen
Gen merupakan faktor pembawa sifat yang memilih sifat makhluk hidup. Gen terdapat pada benang kromosom, yakni benang-benang pembawa sifat yang terdapat pada inti sel makhluk hidup. Gen yaitu bahan yang mengendalikan sifat atau karakter. Jika gen berubah sifat pun akan berubah. Sifat-sifat yang ditentukan oleh gen disebut genotif, yang disebut juga sebagai pembawaan.
Pada mangga, sekilas memang ada kemiripan bentuk luar. Akan tetapi bila diamati, akan terdapat variasi sifat sehingga tampaklah adanya keanekaragaman. Jadi, sifat berbeda sanggup mengatakan adanya keanekaragaman gen. Contoh lain yaitu sifat-sifat fisik keanekaragaman pada keluarga, misal wajah, alis, hidung, telinga, dan lain-lain. Meskipun berasal dari satu keluarga tetapi mempunyai beberapa sifat fisik yang berbeda. Perbedaan sifat tersebut terjadi akhir adanya keanekaragaman gen.
a. Variasi dan varietas
Keanekaragaman gen sanggup memunculkan varietas. Sebagai teladan ada varietas padi PB, rojo lele, pandan wangi, dan varietas padi tahan wereng. Secara sekilas penampakan antar varietas itu tidak berbeda, alasannya yaitu masih tergolong spesies yang sama. Akan tetapi, setiap varietas mempunyai gen yang berbeda sehingga memunculkan sifat yang khas yang dimiliki oleh setiap varietas itu.
b. Keanekaragaman fenotipe dan genotipe
Akibat lingkungan yang berbeda, sifat yang muncul pada individu sanggup berbeda meskipun genotipenya sama. Perpaduan antara genotipe dan lingkungan sanggup menghasilkan sifat yang tampak dari luar yang disebut fenotipe. Jadi, gen yang sama (genotipe sama) sanggup menghasilksn sifat (fenotipe) yang berbeda alasannya yaitu lingkungannya beda.
2. Keanekaragaman Spesies
Di lingkungan sekitar kita sanggup dijumpai aneka macam spesies binatang dan tumbuhan. Didalam satu famili rumput misalnya, sanggup dijumpai rumput grinting, padi, jagung, dan lain-lain. Dalam golongan burung atau unggas sanggup dijumpai itik, ayam, bebek, angsa, merpati, dan burung parkit. Sangat gampang memilih keanekaragaman spesies alasannya yaitu antara spesies terdapat perbedaan sifat yang jelas.
3. Keanekaragaman Ekosistem
Antara makhluk hidup yang satu dengan yang lain (baik di dalam satu spesies maupun antarspesies) terjadi interaksi. Hal ini dikenal sebagai interaksi biotik, yang membentuk suatu komunitas. Antara makhluk hidup dengan lingkungan fisik (misalnya suhu, cahaya, pH) dan lingkungan kimiawi (air, mineral, derajat keasaman) juga terjadi interaksi. Ini dikenal dengan interaksi biotik-antibiotik yang membentuk sistem lingkungan atau ekosistem.
Di dalam lingkungan yang berbeda terdapat keanekaragaman yang berbeda. Sebagai contoh, dilingkungan pantai sanggup dijumpai pohon kelapa dan bakau, sedangkan di pegunungan pohon pinus, apel dan teh. Telah dijelaskan bahwa interaksi antara makhluk hidup dengan lingkungannya membentuk ekosistem. Dengan keanekaragamannya kondisi lingkungan dan keanekaragaman hayati, maka terbentuklah keanekaragaman ekosistem.
Di Indonesia, diperkirakan terdapat 47 macam ekosistem. Beberapa ekosistem itu antara lain sebagai berikut.
a. Ekosistem hutan bakau
Terdapat di kawasan pantai. Ekosistem ini didominasi oleh tumbuhan bakau, yang hidup di air bahari kawasan pantai. Ekosistem hutan bakau menjadi tempat berlindung ikan, binatang pantai, binatang laut, dan burung-burung.
b. Ekosistem hutan hujan tropik
Terdapat di sebagian besar kepulauan Indonesia. Hutan hujan tropik berupa hutan belantara yang mempunyai aneka macam spesies tumbuhan dan hewan. Keanekaragaman di dalam ekosistem ini tinggi sehingga merupakan ekosistem yang mantap.
c. Ekosistem padang rumput (sabana)
Terdapat di Nusa Tenggara Timur dan Papua. Ekosistem ini didominasi rumput dan diselingi semak-semak. Di dalam ekosistem sabana ini hidup mamalia berukuran besar, herbivor, dan karnivor. Keanekaragaman lebih rendah dibandingkan dengan hutan hujan tropik.
d. Ekosistem sawah
Terdapat di kawasan pertanian. Ekosistem sawah merupakan ekosistem binaan, dengan adanya tumbuhan sejenis, contohnya tumbuhan padi saja, jagung saja, atau kedelai saja. Makara keanekaragamannya rendah.
e. Ekosistem kota
Terdapat di perkotaan. Ekosistem kota juga merupakan ekosistem binaan yang terdiri dari aneka macam komponen biotik (komponen hidup) yang didominasi oleh insan dan komponen abiotik (komponen tidak hidup) yang sangat dipengaruhi manusia.
